中国科学院上海有机化学研究所（以下简称“上海有机化学研究所”）成立于1950年5月，是一所集科研与教育为一体，在国内外具有较高声誉和影响力的综合性有机化学研究机构。
上海有机化学研究所从开展抗生素和高分子化学研究起步，七十余年来经过几代人艰苦创业、奋力拼搏先后产生了19位中国科学院院士；共获得各类科研成果奖366项，含国家三大奖75项，其中国家自然科学一等奖3项（合作2项），二等奖20项（合作1项）；获授权专利1246项（国外专利62项）；发表学术论文13523篇。在有机化学基础研究、有机化学交叉学科研究、工业生产关键过程和关键技术研究以及与国民经济密切相关的化学工业、特征材料、药物工业等方面均取得令人瞩目的成就。上海有机化学研究所将继承和发扬老一辈科学家的光荣传统和科学精神，聚焦分子合成科学前沿，瞄准化学键的选择性断裂和重组等重大科学问题，结合人工智能，实现合成科学理论和方法的新突破；探索基础研究驱动变革性技术的科技创新模式，通过分子合成科学领域的原始创新发展生物医药和战略有机材料创制的核心技术，将上海有机所建设成为具有国际重要影响力的化学研究机构。
上海有机化学研究所现拥有一支学术造诣精湛的导师队伍，一批领军科研工作的年轻科学家。截止2023年12月底，全所职工839人，其中中国科学院院士8人，973、国家重点研发计划首席科学家10人，获杰出青年科学基金33人，在岗导师80余人（含海外和沪港导师）。研究领域主要围绕解决人口健康与农业、资源能源与环境、国家安全等领域的基本有机化学科学与技术问题，开展以有机化学为主导的“化学转化方法学、化学生物学、有机新材料创制科学”三大方向的基础研究和应用研究。上海有机化学研究所拥有一流的实验条件，先进的仪器设备和创新的科研工作环境。现有三个重点实验室：生命过程小分子调控全国重点实验室、金属有机化学全国重点实验室、先进氟氮材料重点实验室（中国科学院）。并已建成有机化合物分离分析、定性定量分析研究和测试平台。图书馆拥有齐全的有机化学学科书刊，藏书10余万册、期刊1400余种（其中外文书刊占80%以上），并能提供丰富的计算机化信息资源和文献检索。
截止2023年12月底，上海有机化学研究所在学研究生1146人，包括762名在学研究生（含交叉中心200人）和278名联培生，其他研究生106名。自1999年开始评选全国优秀博士学位论文以来，上海有机化学研究所入选10篇；自2004年开始评选中国科学院优秀博士学位论文以来，上海有机化学研究所入选31篇；自1989年启动中国科学院院长奖学金评选，上海有机化学研究所共有29名研究生获院长奖学金特别奖，110名研究生获院长奖学金优秀奖。
